Η πιο αποτελεσματική θεραπεία για την παχυσαρκία είναι η βαριατρική χειρουργική επέμβαση. Η χειρουργική επέμβαση για τη σοβαρή παχυσαρκία συνδέεται με την μακροπρόθεσμη απώλεια βάρους και τη μειωμένη συνολική θνησιμότητα. Μία μελέτη βρήκε απώλεια βάρους μεταξύ 14% και 25% (ανάλογα με τον τύπο της εκτελούμενης επέμβασης) σε 10 έτη και μείωση 29% στη θνησιμότητα λόγω όλων των αιτίων συγκριτικά με τις συνήθεις μεθόδους για την απώλεια βάρους. Η λαπαροσκοπική γαστρική παράκαμψη (κατά Roux en-Y) είναι μια αποτελεσματική θεραπεία για την παχυσαρκία. Η γαστρική παράκαμψη είναι περισσότερο γνωστή σαν γαστρικό by-pass. Στην επέμβαση αυτή ο στόμαχος διαιρείται λίγο κάτω από την καρδιοοισοφαγική συμβολή με σκοπό τη δημιουργία ενός μικρού γαστρικού θυλάκου χωρητικότητας ~30 gr (νεοστόμαχος).
Η αποκατάσταση του πεπτικού συστήματος γίνεται με αναστόμωση του γαστρικού θυλάκου με λεπτό έντερο (γαστρική έλικα Roux) και η κυκλοφορία των πεπτικών υγρών με εντεροαναστόμωση δίνοντας στο πεπτικό σύστημα μια διαμόρφωση που μοιάζει με Υ. Ανάλογα με το μήκος του λεπτού εντέρου που παρακάμπτεται, υπάρχουν διάφορες παραλλαγές του γαστρικού by-pass. Στο κλασσικό γαστρικό by-pass η εντερική παράκαμψη είναι περίπου ενάμισι μέτρο. Μία νέα μελέτη διαπιστώνει ότι οι ασθενείς που υποβάλλονται σε αυτή τη χειρουργική επέμβαση συχνά παραπονιούνται για γαστρεντερικά προβλήματα.
Η μελέτη συμπεριέλαβε 249 παχύσαρκους ασθενείς που υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση και 295 παχύσαρκους που δεν χειρουργήθηκαν ως ομάδα ελέγχου, οι οποίοι συμπλήρωσαν ένα ερωτηματολόγιο. Οι χειρουργικούς ασθενείς συμπλήρωσαν το ερωτηματολόγιο δύο χρόνια μετά την επέμβαση. Οι χειρουργικοί ασθενείς συχνά ανέφεραν δυσπεψία. Επίσης η τροφική δυσανεξία, ειδικά για τρόφιμα με υψηλή περιεκτικότητα σε λιπαρά ή περιεκτικότητα σε ζάχαρη και για το κόκκινο κρέας, ήταν μια κοινή παρενέργεια της χειρουργικής επέμβασης: τροφική δυσανεξία για τις συγκεκριμένες τροφές αναφέρθηκε από 70,7% των μετεγχειρητικών ασθενών σε σύγκριση με 16,9 % των ατόμων από την ομάδα ελέγχου.
"Οι περισσότερες μελέτες της απώλειας βάρους μετά χειρουργική επέμβαση δίνουν έμφαση στις βραχυπρόθεσμες επιπτώσεις της χειρουργικής επέμβασης, και υπάρχει περιορισμένη γνώση σχετικά με την επίδραση της γαστρικής παράκαμψης σε γαστρεντερικά ενοχλήματα σε μακροπρόθεσμη βάση», δήλωσε ο Δρ Τόμας Boerlage, επικεφαλής συγγραφέας της μελέτης που δημοσιεύθηκε στο British Journal of Surgery. «Με αυτή τη μελέτη, οι ιατροί μπορούν να βελτιώσουν τη συμβουλευτική τους προς τους ασθενείς, τόσο πριν όσο και μετά την επέμβαση".