Θα μπορούσε να είναι το μέλλον των διαγνωστικών εξετάσεων για κοινές λοιμώξεις και θα μπορούσε να αποδειχθεί ένα κρίσιμο εργαλείο για την κατανόηση και την καταπολέμηση νέων ιών. Η γενετική ακολουθία της επόμενης γενιάς ή η ακολουθία της επόμενης γενιάς (NGS) γίνεται όλο και πιο συνηθισμένη στην έρευνα, αν και δεν είναι ακόμη ευρέως διαθέσιμη. Στο Σχολείο Ιατρικής του UNC, αποτελεί μέρος μιας ερευνητικής συνεργασίας για την καλύτερη κατανόηση των ιογενών πνευμονικών λοιμώξεων, συμπεριλαμβανομένου του COVID-19 – του νέου κοροναϊού που σαρώνει τον κόσμο.
“Μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το NGS, το οποίο ανιχνεύει όλους τους ιούς σε ένα δεδομένο δείγμα από έναν ασθενή, για να βεβαιωθεί ότι οι τρέχουσες δοκιμές λειτουργούν σωστά για τον εντοπισμό του ιού COVID-19”, δήλωσε ο Dirk Dittmer, Ph.D. , διευθυντής της UNC Viral Genomics Core και μέλος του Ολοκληρωμένου Καρκίνου του Lineberger.
Το NGS όχι μόνο αναγνωρίζει όλα τα ιούς που υπάρχουν σε ένα δείγμα, αλλά ακολουθεί ή αποκωδικοποιεί το DNA του ιού. Έχοντας τη δυνατότητα να κοσκινίσει μέσω του γονιδιωματικού κώδικα ενός ιού δίνει μια εικόνα για το πόσο παλιό είναι, από πού προέρχεται και αν είναι μεταλλαγμένο.
“Είναι σαν να πάρουμε ένα δακτυλικό αποτύπωμα του ιού”, δήλωσε ο Dittmer. “Μπορούμε να βοηθήσουμε να μάθουμε πολλά πράγματα, συμπεριλαμβανομένου του γιατί μερικοί άνθρωποι αρρωσταίνουν από το ιό και άλλοι δεν το κάνουν”.
Οι τυποποιημένες διαγνωστικές εξετάσεις που χρησιμοποιούνται για την ταχεία ανίχνευση λοιμώξεων από γρίπη ή αναπνευστικές παθήσεις φαίνονται μόνο για περιορισμένο αριθμό προκαθορισμένων ιών και δεν παρέχουν πληροφορίες πέραν των θετικών ή αρνητικών αποτελεσμάτων. Το ίδιο ισχύει και για τις δοκιμές που αναπτύχθηκαν για τη διάγνωση του COVID-19. Η δοκιμή που αναπτύχθηκε από τους ερευνητές του UNC αναζητά ένα τμήμα της γονιδιακής αλληλουχίας του ιού που προκαλεί το νέο coronavirus.
“Επειδή βλέπουμε μόνο μία ακολουθία γονιδίων για τον ιό, πρέπει να παρακολουθούμε συνεχώς για αλλαγές σε αυτή τη σειρά γονιδίων ώστε να είμαστε σίγουροι ότι η δοκιμασία μας είναι ακόμα αξιόπιστη” δήλωσε η Melissa Miller, Ph.D., διευθυντής του UNC Medical Center of Microbiology και Μοριακών Μικροβιολογικών Εργαστηρίων. “Το NGS θα μας βοηθήσει να το κάνουμε αυτό”.
Οι Miller και Dittmer συνεργάζονται για να διατηρήσουν όσο το δυνατόν ακριβέστερα τις δοκιμές COVID-19. Αφού η UNC έχει περάσει από τη διαδικασία επιβεβαίωσης του FDA για δοκιμή – τα πρώτα πέντε θετικά και τα πρώτα πέντε αρνητικά αποτελέσματα που επιβεβαιώθηκαν από το εργαστήριο δημόσιας υγείας της Ν. Καρολίνα – τα πρώτα θετικά 100 δείγματα θα πάνε στο εργαστήριο του Dittmer για περαιτέρω μελέτες αλληλουχίας. «Βοηθάει σίγουρα τη γενική γνώση που έχουμε για την ασθένεια COVID-19 και τις συνθέσεις άλλων οικογενειών που μπορεί να υπάρχουν εκεί», δήλωσε ο Miller.