Υπάρχουν αρκετές παθήσεις του ουροποιογεννητικού συστήματος οι οποίες μπορεί να επηρεάσουν τόσο την στυτική λειτουργία, όσο και την εκσπερμάτιση, καθώς και την ικανότητα γονιμότητας στον άνδρα. Είναι φορές μάλιστα που η σεξουαλική ζωή ενός άνδρα επηρεάζεται ακόμα και από τις θεραπείες που ακολουθεί για να αντιμετωπίσει τις παθήσεις του ουροποιογεννητικού.
Η πιο γνωστή πάθηση του ουροποιογεννητικού συστήματος είναι ο καρκίνος του προστάτη, ο πρώτος σε συχνότητα καρκίνος στον άνδρα και η δεύτερη σε συχνότητα αίτια θανάτου μετά τον καρκίνο του πνεύμονα. Αξίζει να αναφερθεί ότι κάθε χρόνο έχουμε περίπου 200.000 νέα κρούσματα. Κάθε άνδρας άνω των 50 ετών πρέπει να υποβάλλεται σε εξετάσεις, μια φορά τον χρόνο. Εφόσον διαπιστωθεί πως υπάρχει καρκίνος, συνήθως γίνεται χειρουργική επέμβαση, ριζική προστατεκτομή, η οποία αποτελεί αποτελεσματική αντιμετώπιση.
Δίπλα από τον προστάτη όμως, περνούν τα νεύρα τα οποία τροφοδοτούν τα σηραγγώδη σώματα του πέους και είναι υπεύθυνα για την στύση. Κατά τη διάρκεια της επέμβασης αυτά μπορεί να τραυματιστούν ή και να κοπούν με αποτέλεσμα την εμφάνιση μετεγχειρητικά στυτικής δυσλειτουργίας. Στην περίπτωση έντονης και επίμονης στυτικής δυσλειτουργίας μετά την επέμβαση, τότε ανάλογα με την περίπτωση, υπάρχουν φαρμακευτικές και χειρουργικές θεραπείες. Μια άλλη δυνατότητα θεραπείας του καρκίνου του προστάτη είναι και η ακτινοβολία, ωστόσο και η μέθοδος αυτή μπορεί να προκαλέσει στυτική δυσλειτουργία σε σημαντικά ποσοστά.
Επίσης, η υπερπλασία είναι μια ακόμα πάθηση του ουροποιογεννητικού συστήματος που «ταλαιπωρεί» τους άνδρες. Η κατάσταση αυτή οφείλεται στην αύξηση του μεγέθους του προστάτη και μπορεί να προκαλέσει διαταραχές στην ούρηση η σοβαρότητα των οποίων συνδέεται με διαταραχές στην στύση και την εκσπερμάτιση. Οι θεραπείες της καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη, κυρίως οι χειρουργικές, αλλά και ορισμένες φαρμακευτικές είναι δυνατόν να προκαλέσουν το φαινόμενο της παλίνδρομης εκσπερμάτισης. Στην κατάσταση αυτή, κατά την εκσπερμάτιση, το σπέρμα αντί να προωθηθεί προς τα έξω κατευθύνεται πίσω προς την ουροδόχο κύστη.
Τέλος, να αναφέρουμε πως υπάρχουν ακόμα δύο ουρολογικές παθήσεις του ουροποιογεννητικού συστήματος οι οποίες μπορούν να προκαλέσουν πρόωρη εκσπερμάτιση: οι χρόνιες προστατίτιδες (φλεγμονή του προστάτη αδένα) και ο βραχύς χαλινός (η πτυχή του δέρματος που συνδέει την κεφαλή του πέους με το κύριο σώμα του πέους).